اپلیکیشن‌های بومی (Native) به طور اختصاصی برای سیستم‌های عامل اندروید یا iOS طراحی می‌شوند. برای برنامه‌نویسی iOS بهترین زبان‌های برنامه‌نویسی، Swift و Objective-C هستند. Objective-C زبان قوی‌تری است ولی یادگیری آن دشوارتر می‌باشد. Swift یک زبان جدید برای برنامه‌نویسی iOS است ولی روز به روز گسترده‌تر شده و محبوبیت بیشتری کسب می‌کند. یادگیری این زبان از Objective-C آسان‌تر است.

بهترین زبان‌های برنامه‌نویسی اندروید برای ساخت یک اپلیکیشن نیتیو، Kotlin یا Java هستند. Java قدیمی‌تر و محبوب‌تر است ولی Kotlin نیز خیلی با آن فاصله ندارد.

مهم‌ترین مزیت ساخت اپلیکیشن به روش نیتیو برای دستگاهی که روی آن نصب می‌شود این است که امنیت دستگاه، سرعت و قابلیت‌های آن را تماما حفظ خواهد شد. تجربه‌ی کاربری و سرعت اپلیکیشن‌های نیتیو نیز نسبت به دیگر اپلیکیشن‌ها بهتر است.